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Transposable element dynamics during the adaptive radiation of Diospyros from New Caledonia
Edith Mayra Briceno Huayta
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Joint-Masterstudium Evolutionary Systems Biology
Betreuer*in
Ovidiu Paun
DOI
10.25365/thesis.74830
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-16988.40020.211097-3
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die rasche Diversifizierung biologischer Formen in ein breites Spektrum ökologischer Rollen ist als adaptive Radiation bekannt. Es wird davon ausgegangen, dass neue ökologische Möglichkeiten und intrinsische genomische Eigenschaften die treibenden Faktoren für schnelle adaptive Radiation sind. Transponierbare Elemente (TEs) sind die Hauptquelle für De-novo-Mutationen und adaptive phänotypische Varianten. In Neukaledonien hat eine Diospyros-Linie (Ebenaceae) in den letzten 10 Millionen Jahren mehr als 30 Pflanzenarten hervorgebracht. Ziel dieser Masterarbeit war es, ein vorläufiges Verständnis der TE-Dynamik in Diospyros aus Neukaledonien zu erlangen, um erste Einblicke in TEs als mögliche Treiber adaptiver Radiation zu erhalten. Um TE-Insertionen zu finden, wurden die neuesten Berechnungsmethoden und kurze paired-end reads der Next-Generation-Sequenzierung von 29 Diospyros-Arten verwendet. Die Ergebnisse zeigten eine deutliche TE-Expansion in der Radiationsgruppe im Vergleich zu den nicht strahlenden Arten. LTRs, LINEs und DNA-Transposonen machten den Großteil der TE-Zusammensetzung aus, wobei die größte TE-Expansion in der strahlenden Gruppe bei der LTR-Superfamilie Gypsy und in geringerem Maße bei Copia zu beobachten war. Außerdem ergab die Variantenvielfalt in einer der Gypsy-Familien eine hohe Anzahl von SNPs, einige Indels und terminale Deletionen. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass die LTR-Retrotransposonen Gypsy, die aktivsten und die am häufigsten vorkommenden TEs in der Diospyros-Radiationsgruppe gewesen sind und in jüngster Zeit eine massive TE-Expansion erfahren haben.
Abstract
(Englisch)
The rapid diversification of biological forms into a wide range of ecological roles is known as adaptive radiation. New ecological opportunities and intrinsic genomic properties are expected to be the primary drivers for the rapid adaptive radiation. Transposable elements (TEs) are the major source of de novo mutations and adaptive phenotypic variants. In New Caledonia, one lineage of Diospyros (Ebenaceae) radiated into more than 30 plant species in the last 10 My. The aim of this MSc thesis was to gain a preliminary understanding of TE dynamics in Diospyros from New Caledonia to get first insights into TEs as possible drivers of adaptive radiation. To find TE insertions, the most recent computational methods and paired-end short next-generation sequencing reads from 29 species of Diospyros were employed. The results showed a noticeable TE expansion in the radiating clade compared to the non-radiating species. LTRs, LINEs, and DNA transposons made up the majority of the TE composition, with the biggest TE expansion seen in the radiating clade for the LTR superfamily Gypsy, and, to a lesser extent, Copia. Furthermore, the variant diversity in one of the Gypsy families revealed a high amount of SNPs, a few indels, and terminal deletions. These findings suggested that LTR retrotransposons Gypsy, the most active and abundant TEs in the Diospyros radiating clade, had undergone a recent and massive TE expansion.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Diospyros Transponierbare Elemente adaptive Radiation Neukaledonien
Schlagwörter
(Englisch)
Diospyros transposable elements adaptive radiation New Caledonia
Autor*innen
Edith Mayra Briceno Huayta
Haupttitel (Englisch)
Transposable element dynamics during the adaptive radiation of Diospyros from New Caledonia
Paralleltitel (Deutsch)
"Transposable Element" Dynamiken während der adaptiven Radiation der neukaledonischen Diospyros
Publikationsjahr
2023
Umfangsangabe
64 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Ovidiu Paun
Klassifikationen
42 Biologie > 42.20 Genetik ,
42 Biologie > 42.21 Evolution
AC Nummer
AC17010616
Utheses ID
69323
Studienkennzahl
UA | 066 | 220 | |