Detailansicht
The role of alternative splicing in Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) gene regulation
Georgios Efthymiadis
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Joint-Masterstudium Evolutionary Genomics and Systems Biology
Betreuer*in
Oleg Simakov
DOI
10.25365/thesis.76919
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-24735.56763.316571-5
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Alternatives Spleißen (AS) ist ein kritischer zellulärer Mechanismus, der die transkriptomische Vielfalt erhöht, indem er es einzelnen Genen ermöglicht, mehrere reife mRNA-Isoformen zu produzieren, die möglicherweise zu funktionell unterschiedlichen Proteinen führen. Dieser Prozess wird durch verschiedene genomische Bedingungen reguliert, die gewebespezifische Spleißmuster bestimmen. Trotz zahlreicher Studien, die die Rolle von AS in der Genregulation bei verschiedenen Metazoen-Spezies beleuchten, bleibt seine Rolle in Tintenfischen vollständig unerforscht. Coleoide Tintenfische, bekannt für ihre genomische Komplexität und hochentwickelten Nervensysteme, zeigen einzigartige Verhaltens- und morphologische Anpassungen. Unter diesen hochentwickelten Tieren dient eine Tintenfischart als aufstrebendes Genomik-Modell. Der Hawaii-Zwergtintenfisch (Euprymna scolopes), dessen evolutionäre Geschichte durch Reorganisationsereignisse geprägt ist und dessen Genominhalt mit einer Vielzahl regulatorischer Elemente angereichert ist, stellt einen vielversprechenden Kandidaten dar, um zu untersuchen, wie Spleißentscheidungen beeinflusst werden. Durch den Einsatz modernster Next-Generation-Sequencing-(NGS)-Technologien bieten aktuelle Publikationen Einblicke in verschiedene regulatorische genomische Merkmale, einschließlich konservierter Gencluster und dreidimensionaler chromosomaler Konfigurationen, und positionieren E. scolopes als Schlüsselmodell für das Studium der Genregulation und Evolution von Tintenfischen. Die Untersuchung der Rolle des alternativen Spleißens in E. scolopes wird nicht nur unser Verständnis seiner genomischen Architektur erweitern, sondern auch entscheidende Details über die Auswirkungen von AS auf die transkriptomische Vielfalt in verschiedenen Geweben liefern. Dieses Vorhaben wird erheblich zur umfassenderen Erforschung der Tintenfischgenomik sowie zu den komplexen regulatorischen Mechanismen des alternativen Spleißens beitragen.
Abstract
(Englisch)
Alternative splicing (AS) is a critical cellular mechanism that enhances transcriptomic diversity by enabling individual genes to produce multiple mature mRNA isoforms, potentially resulting in functionally diverse proteins. This process is regulated by various genomic conditions that dictate tissue-specific splicing patterns. Despite numerous studies elucidating the role of AS in gene regulation across different metazoan species, its role in cephalopods remains completely unexplored. Coleoid cephalopods, known for their genomic complexity and highly developed nervous systems, exhibit unique behavioral and morphological adaptations. Among these highly sophisticated animals, a squid species serves as an emerging genomics model. The Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes), with an evolutionary history characterized by reorganization events and a genomic content enriched with a vast repertoire of regulatory elements, consists of a promising candidate to explore how splicing decisions are influenced. Utilizing state-of-the-art next-generation sequencing (NGS) technologies, recent publications provide insights into various regulatory genomic traits, including conserved gene clusters and three-dimensional chromosomal configurations, positioning E. scolopes as a key model for studying cephalopod gene regulation and evolution. Investigating the role of alternative splicing in E. scolopes will not only enhance our understanding of its genomic architecture but also provide pivotal details on the impact of AS on transcriptomic diversity across various tissues. This endeavor will contribute significantly to the broader comprehension of cephalopod genomics as well as to the complex regulatory mechanisms underlying alternative splicing.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Alternatives Spleißen Euprymna scolopes Genomik Genregulation
Schlagwörter
(Englisch)
alternative splicing Euprymna scolopes genomics gene regulation
Autor*innen
Georgios Efthymiadis
Haupttitel (Englisch)
The role of alternative splicing in Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) gene regulation
Paralleltitel (Deutsch)
Die Rolle des alternativen Spleißens bei der Genregulation des hawaiianischen Bobtail-Tintenfischs (Euprymna scolopes)
Publikationsjahr
2024
Umfangsangabe
66 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Oleg Simakov
AC Nummer
AC17356211
Utheses ID
73293
Studienkennzahl
UA | 066 | 220 | |