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The characterization of the mutant ΦCh1-ΔORF94 and complementation and investigation of ΦCh1-ΔORF75
Helene Eliaçık
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molecular Microbiology, Microbial Ecology and Immunobiology
Betreuer*in
Angela Witte
DOI
10.25365/thesis.77378
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-11323.04262.339756-0
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Natrialba magadii, ein haloalkaliphiles Archaeon, ist der einzig bekannte Wirt des temperaten Kopf-Schwanz Virus ФCh1 und lebt unter extremen Umweltbedingungen, wie hohe Salzkonzentrationen und einem hohen pH-Wert. Über die Wirt-Virus Interaktion, die molekularen Mechanismen des Virus und die Funktion spezifischer offener Leserahmen ist wenig bekannt und wurden wenig untersucht. Der Virus ФCh1hat ein bekanntes Methyltransferase-Gen, den offenen Leserahmen 94, welcher ein Fokus dieser Studie ist. Eine Untersuchung der Deletion des ORF94 wurde durchgeführt, die Deletion mittels Southern Blot verifiziert und die Effekte auf das Wachstum und das Lysis-Verhalten, auf den viralen Titer und auf essenzielle virale Proteine, der Methyltransferase, dem Hauptkapsidprotein E und dem Schwanzfaserprotein gp34 wurden analysiert. Diese Analysen gaben Hinweise auf die wichtige Rolle des ORF94 in vielen Regulationswegen, wie der Lysis-Regulation, der Protein-Synthese und der viralen Partikel Produktion. Weiters wurde der Stamm mit der Deletion komplementiert mittels zweiter Plasmide pRo-5/Mev und pNB102, mit verschiedenen Kopienzahlen, und der Effekt analysiert. Die ursprünglichen Funktionen konnten partiell wieder hergestellt werden und die verschiedenen Effekte der Plasmide wurden untersucht. Die Methylierung wurde weiters untersucht mit einer Restriktions- Analyse, welche ergab, dass weniger als die Hälfte der Genome der Viruspopulation methyliert waren. Der zweite Fokus dieser Studie war die Verifikation der Deletion und Charakterisierung der ORF75 Deletationsmutante, bezüglich der Effekte auf das Wachstum, die Lysis, den viralen Titer und den oben erwähnten viralen Proteinen. Die Analyse zeigte, dass der ORF75 eine Rolle im Wachstumsverhalten und der Lysis hat, aber die Proteine nicht beeinflusst sind.
Abstract
(Englisch)
Natrialba magadii, a haloalkaliphilic archaea, is the only known host to the temperate head-tail virus ФCh1, living under extreme environmental conditions of high salt concentrations and high pH values. The host-virus interaction, the molecular mechanisms of the virus and the functions of specific open reading frames are understudied and need investigation. The virus ФCh1 harbours a known methyltransferase gene, the open reading frame 94, which will be a focus in this study. An investigation of the deletion of the ORF94 was performed, the deletion verified by southern blot analysis and the effects on the growth and lysis behaviour, on the viral titer and on essential viral proteins, namely the methyltransferase, the major capsid protein E and the tail fibre protein gp34, were analysed. These provided evidence of the significant role of the ORF94 in many regulatory pathways, as in the lysis regulation, protein synthesis and viral particle production. Further the deletion strain was complemented with two plasmids pRo-5/Mev and pNB102 with different copy numbers, and the effects again analysed. This led to the partially restoration of the original functions and the different effects of the plasmids were determined. The methylation was further studied with restriction analysis, concluding that less than half of the virus populations genomes were methylated. The second focus of this study was the verification of deletion and characterization of the ORF75 deletion mutant, concerning the effects on growth behaviour, on lysis and viral titer and on the above mentioned important viral proteins. The analysis showed that the ORF75 plays a role in the growth and lysis behaviour, but there was little evidence of effects on the proteins.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
PhiCh1 Archaea Mikrobiologie Virus Natrialba magadii
Schlagwörter
(Englisch)
PhiCh1 Archaea Microbiology Virus Natrialba magadii
Autor*innen
Helene Eliaçık
Haupttitel (Englisch)
The characterization of the mutant ΦCh1-ΔORF94 and complementation and investigation of ΦCh1-ΔORF75
Paralleltitel (Deutsch)
Die Charakterisierung der Mutante ΦCh1-ΔORF94 und Komplementierung und Investigation von ΦCh1-ΔORF75
Publikationsjahr
2024
Umfangsangabe
104 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Angela Witte
Klassifikationen
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie
AC Nummer
AC17397073
Utheses ID
74015
Studienkennzahl
UA | 066 | 830 | |