Detailansicht
Arguments for and against the essentiality of recombinases RadA, RadB in N. magadii and newly identified φCh1 nucleocapsids
Roland Trieu Hau Ha
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molecular Microbiology, Microbial Ecology and Immunobiology
Betreuer*in
Angela Witte
DOI
10.25365/thesis.78652
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-31243.18125.215820-2
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Der temperate Archaea Virus φCh1 infiziert Natrialba magadii, seinen bislang einzig bekannten Wirt. Das Virusgenom enthält eine invertierbare Region bestehend aus dem offenen Leserahmen (ORF) 34, int1 und ORF36, die den Wirtskreis definieren könnte. Diese Arbeit versucht die Auswirkung der dafür vermeintlich verantwortlichen Rekombinasen RadA und RadB auf die Inversionsregion von φCh1 zu zeigen. Allerdings konnte weder radA noch radB erfolgreich aus allen Chromosomen in N. magadii deletiert werden. Auf diesem Ergebnis aufbauend versucht diese Arbeit zu beantworten, ob diese Gene essentiell für diesen Organismus sind. Folglich wurden Zeitreihen von Transformanten analysiert, die induzierbare antisense kodierende radA oder radB RNA Plasmide enthielten. Weiters wurde ein Spot Test durchgeführt. Bedauerlicherweise stützen die Erkenntnisse diese Hypothese nicht. Ein weiterer Teil dieser Arbeit fokussierte sich auf die Identifizierung neuer φCh1 Strukturproteine. Die Auswertung der Massenspektroskopien von aufgereinigten Virenpartikeln gaben Rückschluss auf neun ORFs, die potentiell für Kapside kodieren. Sechs davon konnten als φCh1 Kapside mittels Western Blot nachgewiesen werden. Die neu entdeckten viralen Strukturproteine kodierenden ORFs befinden sich am Anfang und in der Mitte des viralen Genoms.
Abstract
(Englisch)
The temperate archaeal virus φCh1 infects Natrialba magadii, its only known host. The virus contains an invertible region comprising open reading frame (ORF) 34, int1 and ORF36, which could determine the host range. This study aimed to show the influence of the putative responsible recombinases RadA and RadB on the φCh1 invertible region. However, attempts to delete either all chromosomal radA or radB in N. magadii have not been successful. Consequently, this study tried to answer whether these genes are essential to this organism. Hence, this thesis analysed the time kinetics of transformants harbouring inducible antisense radA or radB RNA codon plasmids. Furthermore, a spot test was performed. Unfortunately, the results do not support this hypothesis. In addition, this thesis aspired to identify further structural components of φCh1. Mass spectroscopy analysis of purified virus particles showed that nine ORFs encoded potentially for nucleocapsid proteins. Of these, six could be identified as φCh1 nucleocapsids through Western Blot. These newly discovered viral-structure proteins-coding ORFs are located at the beginning and centre of the viral genome.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Rekombinase RadA RadB Natrialba magadii pCh1 Archaea Haloarchaea Nukleokapsid Inversion Halovirus
Schlagwörter
(Englisch)
recombinase RadA RadB Natrialba magadii pCh1 Archaea Haloarchaea nucleocapsid invertible region inversion Halovirus
Autor*innen
Roland Trieu Hau Ha
Haupttitel (Englisch)
Arguments for and against the essentiality of recombinases RadA, RadB in N. magadii and newly identified φCh1 nucleocapsids
Paralleltitel (Deutsch)
Argumente für und wider die Unentbehrlichkeit der Rekombinasen RadA und RadB in N. magadii sowie neu identifizierte φCh1-Nukleokapside
Publikationsjahr
2025
Umfangsangabe
xiv, 70 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Angela Witte
Klassifikation
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC17567519
Utheses ID
76493
Studienkennzahl
UA | 066 | 830 | |